Yıllardan 2356 - uzaktaki bir süpernova patlamasının dünya nüfusunun %99'unu yok ettikten 189 yıl sonra. Ä°nsanoğlu uzaydaki tüm hareketleri takip etmek için Güneş Sistemi'nin her yerine "tesis" denilen devasa uzay istasyonlarını kurdu. Uzay Akademisi'ne giriş sınavı geçtikten sonra Shima Katase, başka bir yıldızlar arası felekatin olmasını engellemek ve uzayı yakından görme hayalini gerçekleştirmek için yeryüzünde kurulmuş olan Stellvia'ya gider.