Dördüncü Büyük Ninja Savaşı'nın sona ermesinin üzerinden iki yıl geçti. Altıncı Hokage, Kakashi Hatake ayın tehlikeli bir şekilde dünyaya yaklaştığını ve gezegeni yok etme tehdidi oluşturduğunu fark edene kadar tüm köy sakin ve huzurluydu. Bu ciddi tehlikenin ortasında Konoha, Hinata Hyuuga'nın küçük kız kardeşi Hanabi'yi aniden kaçıran Toneri Otsutsuki tarafından işgal edilir. Kakashi, Hanabi'yi Toneri'nin şeytani pençesinden kurtarmak için Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai ve Hinata'dan oluşan yetenekli bir ninja ekibini göreve gönderir. Ancak görevleri sırasında ekip, onları zorlayan çeşitli engellerle karşılaşır. Dünya yok olmanın eşiğine gelirken gezegenlerinin güvenliğini sağlamak için zamana karşı yarışmak zorunda kalırlar. Bu sırada savaş devam ederken Naruto, hayal ettiğinden daha büyük bir şey için, aşk için savaşmaya sürüklenir.