1580 ‘de Japonya’da Lord Nobunaga yönetimindeki karanlık güçler 3 en iyi Gölge Ninja klanını yok etmek için harekete geçer. Çünkü Onu durdurabilecek 3 Kutsal Kılıç, onları koruması için bu 3 aileye emanet edilmiştir. Kısa sürede Kasumi klanı yok edilmiştir bile. Köyden tek kurtulan kadın bir Ninja olan Ayame efsanede adı geçen silahlardan biriyle kaçmayı başarır. Ä°ntikam almak isteyen Ayame’nin yolu bu sırada Sakon-sama kesişir. O da Nobunaga’nın yok ettiği 2. Gölge Ninja klanının kurtulan tek üyesidir ve Kutsal Kılıç''lardan diğerini taşımaktadır. Ä°kili birlikte, geriye kalan son aileyi aramaya karar verirler. Çünkü Lord Nobunaga’yı yenmek için tek şansları en iyi 3 Ninja Klanın ve onların sahip olduğu Kutsal Kılıçları birleştirmek zorundadırlar.