Natsume Takashi, büyükannesinin kitabı olan "Arkadaşların Kitabı"nı bulduktan sonraki maceralarının anlatıldığı bu ikinci sezon animesi Nyanko-sensei adlı kedinin yardımı ile birlikte ruhlarla ve insanlarla bir anlaşma yapıldığını öğrenince işe bu ruhları özgür bırakmanın ve anlaşmayı bozmanın daha doğru olduğunu düşünür Natsume ve bunun üzerine çalışmaya bile başlamıştır.